Pinetum Blijdenstein werd gesticht door Benjamin Willem Blijdenstein (1839-1914). Zijn vader was notaris in Enschede en in die tijd was het gebruikelijk dat boeren en burgers hun spaarcenten onderbrachten bij een notaris. In 1856 stuurde Blijdenstein Senior zijn 17-jarige zoon naar Londen om thuis te raken in de financiële wereld. Nog datzelfde jaar stelde zijn vader hem aan het hoofd van de Londense vestiging van de firma B.W. Blijdenstein & Co aan de prestigieuze Treadneadle Street midden in ‘the City’. Vijf jaar later richtte Blijdenstein Senior te Amsterdam de commanditaire vennootschap ‘De Twentsche Bankvereniging’ op. Toen zijn vader in 1866 overleed, nam Blijdenstein Junior de leiding van de bank op zich. In de loop der jaren groeide de bank, het kapitaal groeide mee en Blijdenstein zag uit naar een woonhuis buiten Amsterdam, voor zichzelf en zijn grote gezin.
Zijn keuze viel daarbij op Hilversum, dat aan de vooravond stond van een onstuimige groei. Blijdenstein kocht een groot perceel grond aan de 's Gravelandseweg. Als architect voor het landhuis viel zijn keuze op Isaac Gossschalk, die een huis in neorenaissance-stijl ontwierp en dat in 1883 gereedkwam. Bijzonder was een hoge toren, waarvandaan men bij goed weer de toenmalige Zuiderzee kon zien. Het landhuis kreeg de naam ‘Villa Vogelenzang’.
De tuin rondom de villa werd deels ingericht als siertuin, deels als landschappelijke tuin. Het stuk grond tussen de Van der Lindenlaan en Jonkerweg kocht hij later en bestemde dit als groente- en fruittuin met diverse verwarmde kassen voor de teelt van perziken en druiven. Deze tuin werd aan twee zijden omgeven door een dubbel gemetselde muur met spouw, een zogenaamde warmtemuur voor het leifruit.
Toen Blijdenstein stopte met het bankwerk en dit overliet aan zijn oudste zoon kon hij zich overgeven aan zijn hobby. Zijn interesse in coniferen was ontstaan toen hij in Londen werkte en daar bevriend raakte met de directeur van de botanische tuin Kew Gardens. Hij besloot te beginnen met het verzamelen van coniferen en plantte de eerste exemplaren langs de Jonkerweg.
In 1909 gaf Blijdenstein de tuinarchitect Hendrik Copijn te Groenekan de opdracht een pinetum in Engelse landschapsstijl te ontwerpen. Het ontwerp bestond uit slingerende paden door de tuin met verrassende doorkijkjes om de indruk te geven dat de tuin groter is. Het oppervlak is slechts 1,4 hectare.
Blijdenstein had contact gehouden met Kew Gardens om zaden en bomen uit te wisselen. Zo stuurde hij tuinbaas Brummelkamp regelmatig naar Londen om daar de kneepjes van het vak te leren. Zijn doel was een zo compleet mogelijke coniferencollectie tot stand te brengen. In 1902 gaf Blijdenstein architect Johan Wilhelm Hanrath opdracht om een woning in het pinetum te ontwerpen voor tuinbaas Brummelkamp en zijn gezin. Het huis fungeert ook nu nog als beheerderswoning.
Behalve bankier en verzamelaar van coniferen was Blijdenstein ook een figuur van betekenis voor de Hilversumse gemeenschap. De doopsgezinde Blijdenstein nam onder meer het initiatief tot de oprichting van de Hogere Burgerschool (thans Roland Holst College), de Ambachtsschool en financierde de voorganger van het verzorgingshuis ‘De Egelantier’.
Ook was hij een aantal jaren lid van de Hilversumse gemeenteraad. Blijdenstein overleed in 1914. Hij werd ingeschreven in het Gulden Boek van de gemeente Hilversum als blijk van waardering voor zijn bijzondere inzet voor Hilversum en haar bewoners.
Na zijn overlijden bleek de instandhouding van de buitenplaats een te zware last voor de familie. In 1928 werd het terrein verkocht aan de N.V. Gooisch Grondbezit, die het verkavelde en er woningen bouwde. Aan de huidige Laan van Vogelenzang en Blijdensteinlaan staan nog steeds enkele bomen van het oorspronkelijke landgoed. Voor het monumentale landhuis bestond geen belangstelling en werd helaas gesloopt.
Het pinetum viel buiten de grondoverdracht. Voor dit gedeelte van de tuin had Blijdenstein testamentair bepaald, dat het als wetenschappelijk instituut behouden zou blijven. De familie bood het pinetum tevergeefs aan aan de gemeente Hilversum en de Landbouwhogeschool in Wageningen. Uiteindelijk werd de tuin in 1929 aan de gemeente Amsterdam geschonken, omdat het hoofdkantoor van de Twentsche Bank daar gevestigd was. Het beheer kwam bij de Hortus Botanicus van de Universiteit Amsterdam. In de akte van schenking werd bepaald dat het geschonkene altijd bestemd zou blijven als pinetum en dat bij opheffing het eigendomsrecht zou terugvallen aan de erfgenamen Blijdenstein.
Als onderdeel van de Amsterdamse Hortus Botanicus speelde Pinetum Blijdenstein als dépendance jarenlang een belangrijke rol in het wetenschappelijk onderzoek, dat aan de Universiteit van Amsterdam werd verricht.
Omstreeks het einde van de vorige eeuw werd het voortbestaan van Pinetum Blijdenstein echter onzeker. Zowel de Universiteit van Amsterdam, de gemeente Hilversum als de gemeente Amsterdam lieten weten van hun financiële verplichtingen af te willen. De tuin werd daarom in erfpacht overgedragen aan Stichting Pinetum Blijdenstein. Deze stichting is thans verantwoordelijk voor het beheer en de exploitatie van Pinetum Blijdenstein met zijn collectie coniferen, die behoort tot de meest complete in de wereld.
