Om de toekomst van de collectie en de tuin veilig te stellen is Pinetum Blijdenstein in 2000 ondergebracht in een zelfstandige stichting, Stichting Pinetum Blijdenstein. De stichting is gevestigd in Hilversum en is ingeschreven in het Handelsregister van de Kamer van Koophandel Gooi- en Eemland onder nummer 411 99 999.
Bestuur
Prof. em. dr. Peter van Tienderen (voorzitter)
Prof. em. dr. Jan Stam (secretaris)
Dr. ir. Dennis R. Muntslag (penningmeester)
Prof. em. dr. Jan Wolf
Mw. Tanja Goderie
Drs. Sjirk Kok
Raad van advies
Dr. Zsolt Debreczy - Verenigde Staten
Prof. em. dr. Robert (Bob) Hill - Australië
Dr. István Rácz - Hongarije
Prof. dr. Catarina Rydin - Zweden
Ronald van Soldt - Nederland
Wetenschappelijk collectiebeheer
Dr. Sarina Veldman
Beheerder
Dhr. Hans van Roon
De leden van het bestuur en de raad van advies ontvangen geen bezoldiging. Daarnaast zijn er nog bijna 50 mensen als vrijwilliger actief in de tuin, het bezoekerscentrum en voor andere functies.
